Saturday, November 03, 2007

Estándares para Experimentos en Biología (incluyendo para RNAi)

Un estándar se define como una serie de especificaciones uniformes para parte o todos los aspectos de un producto o actividad que promueve la cooperación y la interoperabilidad [1].

Desde hace unos años existe un impetu en la biología para crear estándares para los reportes experimentales, sobre todo para experimentos tipo hightroughput (microarreglos, proteómica, etc). Uno de los principales problemas de los experimentos hightrougput es la reproductibilidad entre diversos laboratorios o plataformas (ej. un microarreglo de Affimetrix vs uno hecho con un chip Perkin Elmer). El objetivo de lograr estándares es facilitar el reporte, la reproductibilidad y lograr compartir los datos entre diversas plataformas. Se espera además que la implementación de estos estándares faciliten la interoperabilidad entre datos genómicos, proteómicos y metabolómicos. Tales iniciativas son por ejemplo MIAME (Minimal Information about a Microarray Experiment), PSI (Proteomics Standards Initiative), etc. [1]

Es interesante para nuestro laboratorio notar que existe una iniciativa para reportar RNAi llamada Minimum Information About an RNAi Experiment (MIARE)

El URL de esa iniciativa es http://miare.sourceforge.net/HomePage

En el siguiente link a mi página pongo un archivo de excel provisto por MIARE para reportar experimentos de RNAi y un PDF con info general de MIARE. Además incluyo información de MIARE de como reportar los reactivos usados para construir el RNAi:

http://franzpruefer.googlepages.com/rnaiguidelines

Ref:
1) Standard operating procedures.Nat Biotechnol. 2006 Nov;24(11):1299.

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