Por favor lean este articulo. Podriamos cambiar nuestros controles de carga (GAPDH, etc) para adecuarlos mejor. Por favor opinen al respecto.
Evidence Based Selection of Housekeeping Genes
For accurate and reliable gene expression analysis, normalization of gene expression data against housekeeping genes (reference or internal control genes) is required. It is known that commonly used housekeeping genes (e.g. ACTB, GAPDH, HPRT1, and B2M) vary considerably under different experimental conditions and therefore their use for normalization is limited. Here we show novel candidate housekeeping genes (e.g. RPS13, RPL27, RPS20 and OAZ1) with enhanced stability among a multitude of different cell types and varying experimental conditions. |
2 comments:
Hola
El articulo me parece muy interesante, pues la evidencia de que existen otros marcadores (diferentes a los usados comunmente) mas eficientes, podríá conducirnos a tener resultados mas fiables en tanto que se acercan más a lo que ocurre en la realidad.
A qui cabria hacernos la pregunta: ¿Para el caso particular de nuestros experimentos, vale la pena cambiar de marcadores?, ¿sera necesario?
En lo particular, yo pienso que sí es deseable experimentar con alguno(s) de los marcadores propuestos, pero antes que nada llevar a cabo una primera etapa experimental en la cual comparemos si hay resultados diferenciales al utilizar estos nuevos marcadores y los que que
utilizamos en el laboratorio; lo que también permitiría corroborar si en nuestros modelos y condiciones experimentales son mas eficientes estos marcadores propuestos en el artículo.
ciao
Vare
El artículo aunque es corto en redacción es amplio en contenido. Los autores hacen un meta-analisis de microarreglos para la identificacion de nuevos genes housekeeping. Ellos comentan que casi 90% de los articulos de alto impacto tienen datos normalizados contra genes que varian en forma considerable, como GAPDH.
A mi forma de ver las cosas, el uso de GAPDH (por decir uno) en tiempos que nos preceden, no fue mal ocupado. Lo que sucedio es que se normalizaron fenomenos muy detectables contra estandares que quizá tenian algo de variacion pero no se modificó la percepcion del hecho. Sin embargo en la actualidad la algunas investigaciones se conducen hacia cosas muy puntuales. En tales, pequeñas variaciones en el estandar ocupado provoca que el fenomeno "no sea estadisticamente diferente con respecto al estandar", aunque si existan tales.
En la busqueda de pequeños cuestionamientos propios. Me tope con el siguiente artículo:
Identification of new reference genes for the normalisation of canine osteoarthritic joint tissue transcripts from microarray data
BMC Mol Biol. 2007; 8: 62.
En el cual, lo interesante es que el MRPS7 , proteina ribosomal mitocondrial, se propone como gen housekeeping. Comparando los genes housekeeping del articulo que nos envió resalta el hecho de que la mayoria de los genes son proteinas ribosomales. Otros artículos proponen que algunos de los genes de proteinas ribosomales podrian ser utilizados como housekeeping debido a que no cambian su expresion en enfermades y entre algunos organismos.
En esta busqueda de nuevos genes housekeeping seguramente nos encontraremos datos contradictorios. Sin embargo, algunos datos caminaran a la par. Algo que me preocupa es el uso de distintos algoritmos para el análisis de datos. Si bien son programas computacionales, tiene errores como cualquier cosa hecha por el hombre. En este sentido la inquietante, al menos mia, es que el análisis con distintos programas tendra contradicciones potenciales.
Nota: No he contestado la segunda parte de lo "posteado" en stem cell. El hecho es que estoy pensando en un experimento :P
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